조특법§99의2의 감면대상주택 확인 날인을 받지 않은 경우에 동법 과세특례 적용 가능한지 여부

「조세특례제한법」제99조의2 제1항의 규정에 따른 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 때 같은 법 시행령 제99조의2 제11항의 방법에 따라 감면대상주택임을 확인받아 같은 법 시행령 제99조의2 제8항에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우만 해당 과세특례를 적용받을 수 있는 것임

[회신] 귀 서면질의의 경우, 「조세특례제한법」제99조의2 제1항의 규정에 따른 신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세 과세특례를 적용할 때 같은 법 시행령 제99조의2 제11항의 방법에 따라 감면대상주택임을 확인받아 같은 법 시행령 제99조의2 제8항에 따라 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우만 해당 과세특례를 적용받을 수 있는 것입니다. 1. 사실관계 ○‘13.11월 주택건설사업자와 부산시 부산진구 소재 A다세대주택건물(25세대,이하 “쟁점주택”)을 매매계약 체결 - 조특령 §99의2의 지방자치단체장으로부 터 매매계약서 위에 “감면대상주택 확인 날인”을 받지 않았음 ○ ‘14.3월 쟁점주택 취득함 ※ 질의자는 부동산매매업자가 아닌 자로 전제함 2. 질의내용 ○ 14.2.21. 조특령§99의2①(3)가 개정됨에 따라 개정 조특령에 의해 비로소 감면대상이 된 신축주택[조특법§99의2①(3), 주택건설사업자가 공급한 30호미만의 주택]에 대하여 “감면대상주택 확인 절차(감면대상주택 확인 날인)”을 하지 않은 경우에 조특법§99의2 감면특례 적용할 수 있는지 여부 3. 관련법령 및 관련사례 ᥵ 조세특례제한법 (현행, 2014.1.1, 법률 제17460호로 개정된 것) 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 거주자 또는 비거주자가 대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택 또는 1세대 1주택자의 주택으로서 취득가액이 6억원 이하이거나 주택의 연면적(공동주택의 경우에는 전용면적)이 85제곱미터 이하인 주택을 2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 「주택법」 제54조 에 따라 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매 계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주 택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분 의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다. 이 경우 공제하는 금액이 과세대상소득금액을 초과하는 경우 그 초과금액은 없는 것으로 한다. ② 「소득세법」 제89조제1항제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. ③ 제1항은 전국 소비자물가상승률 및 전국 주택매매가격상승률을 고려하여 부동산 가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령으로 정하는 지역에는 적용하지 아니한다. ④ 제1항에 따른 양도소득세의 감면은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 제1항에 따른 감면 대상 주택임을 확인받아 납세지 관할 세무서장에게 제출한 경우에만 적용한다. <개정 2014.1.1. 신설> ⑤ 제1항을 적용할 때 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. | ◈ 부칙 <법률 제12173호,2014.1.1> 제1조(시행일) 이 법은 2014년 1월 1일부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ③ 이 법 중 양도소득세 및 증권거래세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 양도하는 분부터 적용한다. | ᥵ 조세특례제한법 시행령 (2014.02.21,대통령령 25211호로 개정된 것) 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 법 제99조의2제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 신축주택, 미 분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "신축주택등"이라 한다)을 말한다. <개정 2014.2.21> 3. 주택건설사업자(30호 미만의 주택을 공급하는 자를 말하며, 제1호와 제2호에 해당하는 사업주체는 제외한다)가 공급하는 주택(「주택법」에 따른 주택을 말하며, 이하 제4호부터 제8호까지의 규정에서 같다) ⑧ 법 제99조의2에 따라 과세특례를 적용받으려는 자는 해당 주택의 양도소득 과세표준예정신고 또는 과세표준확정신고와 함께 제11항 또는 제12항에 따라 확인하는 날인을 받아 교부받은 매매계약서 사본을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ⑨ 사업주체등은 기획재정부령으로 정하는 신축주택등 현황(2013년 3월 31일까지 분양계약이 체결되지 아니한 것으로 한정한다)을 2013년 6월 30일까지 시장(특별자치시장과 「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제17조제2항 에 따른 행정시장을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)・군수・구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에게 제출하여야 한다. 다만, 제1항제2호・제3호(2013년 4월 1일 이후 공급하는 것으로 한정한다)・제4호・제5호(2013년 4월 1일 이후 대물변제 받은 것으로 한정한다)・ 제6호・제7호 및 제9호(2013년 4월 1일 이후 공급하는 것으로 한정한다)에 해당하는 신축주택등 현황의 경우에는 사업주체등과 최초로 매매계약(매매계약이 다수인 때에는 최초로 체결한 매매계약을 기준으로 한다)을 체결한 날이 속하는 달의 말일부터 1개월 이내에 제출하여야 한다. ⑩ 시장・군수・구청장은 제9항에 따라 제출받은 신축주택등 현황을 관리하여야 하며, 그 현황을 제출일이 속하는 분기의 말일부터 1개월 이내에 주택 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ⑪ 사업주체등은 신축주택등의 매매계약을 체결한 즉시 2부의 매매계약서에 시장・군수・구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 신축주택등 임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부 를 해당 매매계약자에게 교부하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장에 작성하여 보관하여야 한다. ⑫ 감면대상기존주택 양도자는 2014년 3월 31일까지 2부의 매매계약서에 시장・군수・구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 한다. <개정 2014.2.21> ⑬ 국토교통부장관은 감면대상기존주택임을 확인할 수 있는 자료를 전산망 등을 통하여 시장・군수・구청장에게 제공하여야 한다. ⑭ 제11항에 따라 매매계약서에 신축주택등임을 확인하는 날인을 요청받은 시장・군수・구청장은 제10항에 따른 신축주택등 현황 및 「주택법」 제16조 에 따른 사업계획승인신청서류 등에 따라 신축주택등임을 확인하고, 해당 매매계약서에 기획재정부령으로 정하는 신축주택등임을 확인하는 날인을 하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 신축주택등 확인대장에 작성하여 보관하여야 한다. ⑮ 제12항에 따라 매매계약서에 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 요청받은 시장・군수・구청장은 제13항에 따라 국토교통부장관이 제공하는 자료(제3항에서 규정하는 1세대 1주택자 여부에 대한 판정 자료를 말한다), 매매계약서 및 「주민등록법」에 따른 주민등록표(주민등록전산정보자료를 포함한다)를 통하여 감면대상기존주택임을 확인하고, 해당 매매계약서에 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존 주택임을 확인하는 날인을 하여야 하며, 그 내용을 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택 확인대장에 작성하여 보관하여야 한다. ⑯ 시장・군수・구청장과 사업주체등은 각각 기획재정부령으로 정 하는 신축주택등확인대장 및 감면대상기존주택 확인대장을 2014년 4월 30일까지 정보처리장치・전산테이프 또는 디스켓・디스크 등의 전자적 형태(이하 이 조에서 "전자매체"라 한다)로 주택 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. <개정 2014.2.21> ⑰ 제16항에 따른 전자매체 자료를 제출받은 주택 소재지 관할세무서장은 해당 자료를 기록・보관하여야 한다. | ◈ 부칙 <법률 제25211호,2014.2.21.> 제1조(시행일) 이 영은 공포한 날부터 시행한다. 제2조(일반적 적용례) ③ 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 양도하는 분부터 적용한다. | ⑱ 신축주택등 및 감면대상기존주택의 확인 절차 등 그 밖에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다. ᥵ 조세특례제한법 시행령 (2014.02.21,대통령령 25211호로 개정되기 이전의 것) 제99조의2 【신축주택 등 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 ① 법 제99조의2제1항 전단에서 "대통령령으로 정하는 신축주택, 미분양주택"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "신축주택등"이라 한다)을 말한다. 3. 주택건설사업자 ( 20호 미만의 주택을 공급하는 자를 말하며, 제1호와 제2호에 해당하는 사업주체는 제외한다)가 공급하는 주택(「주택법」에 따른 주택을 말하며, 이하 제4호부터 제8호까지의 규정에서 같다) ⑫ 감면대상기존주택 양도자는 감면대상기존주택의 매매계약을 체결한 날부터 30일 이내 에 2부의 매매계약서에 시장ㆍ군수ㆍ구청장으로부터 기획재정부령으로 정하는 감면대상기존주택임을 확인하는 날인을 받아 그 중 1부를 해당 매매계약자에게 교부하여야 한다. ⑯ 시장ㆍ군수ㆍ구청장과 사업주체등은 각각 기획재정부령으로 정하는 신축주택등확인대장 및 감면대상기존주택 확인대장을 2014년 3월 31일까지 정보처리장치ㆍ전산테이프 또는 디스켓ㆍ디스크 등의 전자적 형태(이하 이 조에서 "전자매체"라 한다)로 주택 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.